佐藤 崇(研究員)SATOH, Takashi P. (MEXT Postdoc)



研究テーマ

動物ミトコンドリアゲノムの構造進化,魚類(主に深海性・底生)の系統進化,動物の胃内容物分子判定など

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https://www.facebook.com/takashi.p.satoh

研究内容
真核生物の重要な細胞内器官であるミトコンドリアには,核とは別の独自のゲノムがあります.このミトコンドリア(mt)ゲノムの構造的特徴や個々の遺伝子の進化特性についての把握は十分になされていません.mt ゲノムの複製や転写メカニズムなどについても未解明な点が数多く存在するのが現状です.そこでまずは,データが豊富に蓄積されており,系統学的研究の進展が著しい魚類を対象に選び,その mt ゲノムの構造や種々の遺伝子の特性を系統進化学的視点から明らかにすることを目指しています.

魚類の mt ゲノムで見つかった遺伝子配置変動例 (Satoh et al. 2016, Fig.1より)

学歴・職歴
・1994 Mar. 北海道函館東高等学校 卒業
・1999 Mar. 弘前大学理学部生物学科 卒業
・2001 Mar. 福井県立大学大学院 生物資源学研究科 海洋生物資源学専攻
                    博士前期課程修了
・2006 Mar. 東京大学大学院 農学生命科学研究科 水圏生物科学専攻
                   博士後期課程修了(東京大学海洋研究所 分子海洋科学分野所属)
・2006 Apr. 東京大学大学院 農学生命科学研究科 21世紀COE生物多様性・
                                                    生態系再生研究拠点 特任研究員
   2006 July  同上 退職
・2006 Aug. 東京大学海洋研究所 深海環境科学教育プログラム
                                                            (HADEEP) 特任研究員
   2009 Mar. 同上 退職
・2009 Apr. 国立科学博物館 地球規模生物多様性情報機構 (GBIF) 支援研究員
   2011 Mar. 同上 退職
・2011 Apr. 国立科学博物館 標本資料センター 特定非常勤研究員
   2016 Jan. 同上 退職
・2016 Feb. 京都大学フィールド科学教育研究センター 瀬戸臨海実験所
                   教育拠点研究員 現在に至る



学術論文 (査読あり)


1. Satoh, T. P. Complete mitochondrial genome sequence of Glaucosoma buergeri (Pempheriformes: Glaucosomatidae) with implications based on the phylogenetic position. Mitochondrial DNA Part B: Resources, 3(1): 107-109, 2018.

2. Yoshikawa A., T. Nakano, T. P. Satoh and A. Asakura. A colour variation of Clibanarius virescens (Krauss, 1843) (Decapoda, Anomura) collected from Amami Oshima Island and Okinawa, Japan. Crustaceana, 91(1): 85-101, 2017.

3. Campbell M. A., J. G. Nielsen, T. Sado, C. Shinzato, M. Kanda, T. P. Satoh and M. Miya. Evolutionary affinities of the unfathomable Parabrotulidae: Molecular data indicate placement of Parabrotula within the family Bythitidae, Ophidiiformes. Molecular Phylogenetics and Evolution, 109: 337-342, 2017.

4. Matsuura, K. and T. P. Satoh. Redescription of Lagocephalus cheesemanii (Clarke 1897), a senior synonym of Lagocephalus gloveri Abe and Tabeta 1983, based on morphological and genetic comparisons (Actinopterygii: Tetraodontiformes: Tetraodontidae). Ichthyological Research, 64(1): 104-110, 2017.

5. Satoh, T. P., M. Miya, K. Mabuchi, and M. Nishida. Structure and variation of the mitochondrial genome of fishes. BMC Genomics, 17: 719, 2016.

6. Ochi, D., K. Matsumoto, N. Oka, T. Deguchi, K. Sato, T. P. Satoh, F. Muto, and Y. Watanuki. Dual foraging strategy and chick growth of streaked shearwater Calonectris leucomelas at two colonies in different oceanographic environments. Ornithological Science, 15(2): 213-225, 2016.

7. Thacker C. E., T. P. Satoh, E. Katayama, R. C. Harrington, R. I. Eytan and T. J. Near. Molecular phylogeny of Percomorpha resolves Trichonotus as the sister lineage to Gobioidei (Teleostei:
Gobiiformes) and confirms the polyphyly of Trachinoidei. Molecular Phylogenetics and Evolution, 93: 172-179, 2015.

8. Near T. J., A. Dornburg, R. C. Harrington, C. Oliveira, T. W. Pietsch, C. E. Thacker, T. P. Satoh, E. Katayama, P. C. Wainwright, J. T. Eastman and J. M. Beaulieu. Identification of the notothenioid sister lineage illuminates the biogeographic history of an Antarctic adaptive radiation. BMC Evolutionary Biology, 15:109, 2015.

9. 大橋慎平,佐藤 崇,篠原現人 沖縄県残波岬沖で採集された日本初記録のアシロ科魚類レンセイイタチウオ(新称)Neobythites bimaculatus. 魚類学雑誌 62(1): 59-64, 2015. 

10. Katayama, E., T. P. Satoh and K. Matsuura. First record of the longlure flatfish, Asterorhombus filifer (Pleuronectiformes: Bothidae), from Japan. Species Diversity, 19: 85-89, 2014.

11. Campbell M. A., J. A. López, T. P. Satoh, W. J. Chen and M. Miya. Mitochondrial genomic investigation of flatfish monophyly. Gene, 551: 176-182, 2014.

12. Song H. Y., K. Mabuchi, T. P. Satoh, J. A. Moore, Y. Yamanoue, M. Miya and M. Nishida.  Mitogenomic circumscription of a novel percomorph fish clade mainly comprising "Syngnathoidei" (Teleostei). Gene, 542(2):146-155, 2014.

13. Miya M., M. Friedman, T. P. Satoh, H. Takeshima, T. Sado, W. Iwasaki, Y. Yamanoue, M. Nakatani, K. Mabuchi, J. G. Inoue, J. Y. Poulsen, T. Fukunaga, Y. Sato and M. Nishida. Evolutionary origin of the scombridae (tunas and mackerels): members of a paleogene adaptive radiation with 14 other pelagic fish families. PLoS ONE8(9): e73535, 2013.

14. Iwasaki W, T. Fukunaga, R. Isagozawa, K. Yamada, Y. Maeda, T. P. Satoh, T. Sado, K. Mabuchi, H. Takeshima, M. Miya and M. Nishida. MitoFish and MitoAnnotator: A mitochondrial genome database of fish with an accurate and automatic annotation pipeline. Molecular Biology and Evolution, 30 (11): 2531-2540, 2013.

15. Poulsen J. Y., I. Byrkjedal, E. Willassen, D. Rees, H. Takeshima, T. P. Satoh, G. Shinohara, M. Nishida and M. Miya. Mitogenomic sequences and evidence from unique gene rearrangements corroborate evolutionary relationships of myctophiformes (Neoteleostei). BMC Evolutionary Biology, 13:111, 2013.

16. Matsumoto, K., N. Oka, D. Ochi, F. Muto, T. P. Satoh and Y. Watanuki. Foraging behavior and diet of Streaked Shearwaters Calonectris leucomelas rearing chicks on Mikura Island.
Ornithological Science, 11(1): 9-19, 2012.

17. Song H. Y., T. P. Satoh and K. Mabuchi. Complete mitochondrial genome sequence of the dragonet Callionymus curvicornis (Perciformes: Callionymoidei: Callionymidae). Mitochondrial DNA, 23(4): 290-292, 2012.

18. Satoh T. P., Y. Sato, N. Masuyama, M. Miya and M. Nishida. Transfer RNA gene arrangement and codon usage in vertebrate mitochondrial genomes: a new insight into gene order conservation.  BMC Genomics, 11: 479, 2010.

19. Miya, M., T. W. Pietsch, J. W. Orr, R. J. Arnold, T. P. Satoh, A. M. Shedlock, H-C Ho, M. Shimazaki, M.Yabe and M. Nishida. Evolutionary history of anglerfishes (Teleostei: Lophiiformes): a mitogenomic perspective. BMC Evolutionary Biology, 10: 58, 2010.

20. Johnson G. D., J. R. Paxton, T. T. Sutton, T. P. Satoh, T. Sado, M. Nishida, and M. Miya. Deep-sea mystery solved: astonishing larval transformations and extreme sexual dimorphism unite three fish families. Biology Letters, 5(2): 235-239, 2009.

21. Yagishita N., M. Miya., Y. Yamanoue., S. M. Shirai, K. Nakayama, N. Suzuki, T. P. Satoh, K. Mabuchi, M. Nishida and T. Nakabo. Mitogenomic evaluation of the unique facial nerve
pattern as a phylogenetic marker within the perciform fishes (Teleostei: Percomorpha). Molecular Phylogenetics and Evolution, 53:258-266, 2009.

22. 河合俊郎,佐藤 崇,松原 創,鈴木淳志 北海道網走市沖から採集されたイスズミKyphosus vaigiensisRecord of a sea chub, Kyphosus vaigiensis (Actinopterygii, Perciformes, Kyphosidae), from Abashiri, Hokkaido, Japan. 日本生物地理学会会報,62: 47-50, 2008

23. Setiamarga, D. H. E., M. Miya, Y. Yamanoue, K. Mabuchi, T. P. Satoh, J. G. Inoue, and M. Nishida. Interrelationships of Atherinomorpha (medakas, flyingfishes, killifishes, silversides, and their relatives): The first evidence based on whole mitogenome sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 49(2): 598-605, 2008.

24. Kawahara, R, M. Miya, K. Mabuchi, S. Lavoue, J. G. Inoue, T. P. Satoh, A. Kawaguchi, and M.  Nishida. Interrelationships of the 11 gasterosteiform families (sticklebacks, pipefishes, and their relatives): a new pespective based on whole mitogenome sequences from 75 higher teleosts. Molecular Phylogenetics and Evolution, 46: 224-236, 2007.

25. Miya, M., N. I. Holcroft, T. P. Satoh, M. Yamaguchi, M. Nishida, and E. O. Wiley. Mitochondrial genome and a nuclear gene indicate a novel phylogenetic position of deep-sea tube-eye fish 
(Stylephoridae). Ichthyological Research, 54: 323-332, 2007. (2010日本魚類学会論文賞)

26. Satoh, T. P., M. Miya, H. Endo, and M. Nishida. Round and pointed-head deep-sea grenadier fishes (Actinopterygii: Gadiformes) represent a single sister-group: Evidence from complete nucleotide sequences and gene order of the mitochondrial genome. Molecular Phylogenetics and Evolution, 40: 129-138, 2006.

27. Miya, M., T. P. Satoh, and M. Nishida. The phylogenetic position of toadfishes (order Batrachoidiformes) in the higher ray-finned fish as inferred from partitioned Bayesian analysis of 102 whole mitochondrial genome sequences. Biological Journal of the Linnean Society, 85: 289-306, 2005.

28. Mabuchi, K., M. Miya, T. P. Satoh, M. W. Westneat, and M. Nishida. Gene rearrangements and evolution of tRNA pseudogenes in the mitochondrial genome of the parrotfish (Teleostei: Perciformes: Scaridae). Journal of Molecular Evolution, 59: 287-297, 2004.

29. Miya, M., H. Takeshima, H. Endo, N. B. Ishiguro, J. G. Inoue, T. Mukai, T. P. Satoh, M. Yamaguchi, A. Kawaguchi, K. Mabuchi, S. M. Shirai, and M. Nishida. Major patterns of higher teleostean phylogenies: a new perspective based on 100 complete mitochondrial DNA sequences. Molecular Phylogenetics and Evolution, 26: 121-138, 2003.


学位論文  

佐藤 崇 「魚類ミトコンドリアゲノムの構造に関する比較研究~Comparative study on the structural features of fish mitochondrial genomes.」 2006
東京大学大学院 農学生命科学研究科 水圏生物科学専攻 博士論文

佐藤 崇 「真骨魚類のミトコンドリアゲノムにおける転移RNA 遺伝子の配置変動」2000
福井県立大学大学院 生物資源学研究科海洋生物資源学専攻 修士論文

国際学会

(1)Satoh T. P., M. Miya and M. Nishida. Phylogeny of the lefteye flounders
(family Bothidae): a mitogenomic perspective. The 9th Indo-Pacific Fish
 Conference. Okinawa: Japan. (2013.06.24-28).

(2)Katayama, E., T. P. Satoh and H. Endo. Comparative morphology and 
molecular based intrarelationships of sanddivers (Perciformes: Trichonotidae)
The 9th Indo-Pacific Fish Conference. Okinawa: Japan. (2013.06.24-28).

(3)Miya, M., M. Freedman, T. P. Satoh, H. Takeshima, T. Sado, Y. Yamanoue,
 K. Mabuchi and M. Nishida. Paleogene adaptive radiation of tunas and their
 pelagic relatives revealed by bioinformatic and mitogenomic analyses. 
 The 9th Indo-Pacific Fish Conference. Okinawa: Japan. (2013.06.24-28).

4)Poulsen J. Y., M. Miya, A. Kawaguchi, T. P. Satoh, S. W. Knudsen,  
E. Willassen, I. Byrkjedal, and M. Friedman. Dates and rates of major pelagic 
 deep-sea fish radiations. The 9th Indo-Pacific Fish Conference. Okinawa: Japan.
 (2013.06.24-28).

(5)Miya, M., T. P. Satoh, T. Sado, and M. Nishida. Undetected evolutionary 
 radiation in the pelagic realm: A novel clade in the percomorph fishes as 
 revealed by bioinformatic and mitogenomic analyses. Joint Meeting of 
 Ichthyologists and Herpetologists. (2012.08.12-13). Vancouver: Canada.

(6)Miya, M., T. P. Satoh, T. Sado, and M. Nishida. Undetected evolutionary 
 radiation in the pelagic realm: A novel clade in the percomorph fishes as
 revealed by bioinformatic and mitogenomic analyses. European Congress
 of Ichthyology. Liège: Belgium. (2012.07.03-04).

(7)Satoh T. P., M. Miya, T. Sado, P. R. Møller, J. W. Orr and M. Nishida. 
 Phylogeny of the snailfishes (family Liparidae): a mitogenomic perspective.
 Trench Connection: International Symposium on the Deepest Environment
 on Earth. Chiba: Japan. (2010.11.10)

(8)Satoh T. P., M. Miya and M. Nishida. Diversity of the gene arrangements 
 for fish mitochondrial genome. International Symposium on Biodiversity 
 Science 2010: Genome, Evolution and Environment. Nagoya: Japan. 
  (2010.08.01). (要旨査読あり)

(9)Miya, M., T. W. Pietsch, J. W. Orr, T. P. Satoh, H-C. Ho, R. Arnold, A. M. 
 Shedlock, M. Shimazak, M. Yabe and M. Nishida. Evolutionary history of
 anglerfishes(Teleostei : Lophiiformes) : A mitogenomic perspective. 2010
 Joint Meeting of Ichthyologists and Herpetologists. U.S.A. (2010.07.10).



実務実績

(1)2008 3魚類の系統と多様性に関する国際シンポジウム」
         組織運営委員 ( 国立科学博物館)

(2)2009 3月 調査船白鳳丸教育航海「海洋科学教室」 (生物班)

(3)2011 11月- 2016 1 国立科学博物館「全国的な自然史系標本
         セーフティネット」事務局・運営担当
         https://www.kahaku.go.jp/safetynet/index.php

(4)2012 9- 2016 1 大学共同利用機関法人 人間文化研究機構
         総合地球環境学研究所 「東南アジア沿岸域におけるエリアケイパ
         ビリティーの向上」 委嘱共同研究員

(5)2013 国立科学博物館「標本・資料統合データベース英語版」作製

(6)2013 831日 日本進化学会 15回大会 公開講演会
       「自然史標本からわかること:標本を利用した研究例の紹介」
        (於 筑波大学)(招待講演) 

(7)2015 国立科学博物館 館長支援経費
       「統合データベースに登録されている不適合データの最適化」
         プロジェクト統括

(8)2016 2月〜  文科省教育関係共同利用拠点事業における臨海実習指導
2015年度】 
・京都大学 公開臨海実習「海産無脊椎動物分子系統学実習」(2016227
35日) 
・京都大学 理学部「臨海実習第3部」,
 公開臨海実習「藻類の系統と進化」 ※同時開催 2016310日~15日) 
・京都大学 公開臨海実習「海産無脊椎動物多様性実習」 (2016322
27日) 
   
2016年度 
・和歌山大学 教育学部 「臨海実習」(201646日~11日) 
・奈良女子大学 理学部「臨海実習II」(201663日~7日) 
・奈良教育大学 教育学部「臨海実習」(2016619日~23 
・大阪教育大学 教員養成課程理科教育講座「臨海実習」
                                                            (201672日~6日) 
・大阪市立大学 理学部 「臨海実習」(2016716日~22日) 
・滋賀県立膳所高等学校 「SSHサイエンスキャンプ 臨海実習」
         2016723日~26日) 
・関西学院大学 理工学部 「臨海実験1」 (2016815日~19日) 
・大阪大学 理学部「生物学臨海実習」 (2016822日~27日) 
・京都大学 理学部「臨海実習第1部・4部」,公開臨海実習「自由課題研究」
                                     (201682995)※同時開催 
・京都大学 理学部「臨海実習第2部」,公開臨海実習「発展生物学実習」
                                     (201691319日)※同時開催
大阪大学(インターナショナルカレッジ)化学・生物学複合メジャーコース
                             "Fieldwork in Biology" (2016年9月20日~25日)
  ・京都大学 公開臨海実習「海産無脊椎動物分子系統学実習」
                                                            2017年2月25~3月4日)
・京都大学 理学部「臨海実習第3部」,
 公開臨海実習「藻類と海浜植物の系統と進化」※同時開催
                   (2017年31419日)
・京都大学 全学共通科目「森里海連環学実習IV」, 
 公開臨海実習「沿岸域生態系多様性実習」※同時開催
                   (2017年3月26~31日)

2017年度】
  ・和歌山大学 教育学部 「臨海実習」(20174月712
・奈良女子大学 理学部「臨海実習II」(20176月6日~10日)  
・大阪教育大学 教員養成課程理科教育講座「臨海実習」
                                                            (2017年6月11日~15日) 
・奈良教育大学 教育学部「臨海実習」(20176月25日~29
・大阪市立大学 理学部 「臨海実習」(20177月7日~12日) 
・滋賀県立膳所高等学校 「SSHサイエンスキャンプ 臨海実習」
         2017724日~27日) 
・関西学院大学 理工学部 「臨海実験1」 (2017818日~22日) 
・滋賀県立大学 「環境学野外実習I・II・III」2017年8月23日~26日)
・京都大学 理学部「臨海実習第1部・4部」,公開臨海実習「自由課題研究」
                                     (2017年9月4日9月11日)※同時開催
大阪大学 理学部「生物学臨海実習」 (2017年9月12日~17日) 
・京都大学 理学部「臨海実習第2部」,公開臨海実習「発展生物学実習」
                                        (2017918~24日)※同時開催
大阪大学(インターナショナルカレッジ)化学・生物学複合メジャーコース
                             "Fieldwork in Biology" (2017年9月25日~30日)
  ・京都大学 公開臨海実習「海産無脊椎動物分子系統学実習」
                                                            2018年3月3~3月10日)
・京都大学 全学共通科目「森里海連環学実習IV」, 
 公開臨海実習「沿岸域生態系多様性実習」※同時開催
                    (2018年3月14~19日)
・京都大学 理学部「臨海実習第3部」,
 公開臨海実習「藻類と海浜植物の系統と進化」※同時開催
                                                           (2018年3月27~31日)

(9) 2016 2- 現在 (春季・夏季・冬季)
          京都大学白浜水族館解説ツアー、バックヤードツアー解説


受賞歴

(1)2001 3 31日 研究奨励賞 第十一号 福井県立大学後援会


(2)2003 8  3  日本進化学会第5回大会 ベストポスター賞(共著)
       「リストラされない偽遺伝子:ブダイ科魚類のミトゲノムにおける 
            tRNA 偽遺伝子の進化」

(3)2010 9 24日 日本魚類学会論文賞(共著)
       「Mitochondrial genome and a nuclear gene indicate a novel phylogenetic
            position of deep-sea tube-eye fish (Stylephoridae). 
           Ichthyological Research, 54: 323-332.


外部資金等獲得状況

●20122014年度 学術研究助成基金助成金 若手研究 (B)
「カレイ目魚類のミトコンドリアゲノミクス:
                         高次系統解析とゲノム構造の進化」研究代表

20172019年度 学術研究助成基金助成金 基盤研究 (C)
「タラ目魚類の進化史解明:ミトコンドリアゲノミクスによる
網羅的アプローチ」研究代表


査読雑誌
Animal biology
BMC Evolutionary Biology
BMC Genomics
Gene
Ichthyological Research
Mitochondrion 
Molecular Biology and Evolution
Molecular Phylogenetics and Evolution
Zoological Studies
タクサ


その他
2008 科学技術振興機構(JST)  サイエンスチャンネル   [科学標本の世界]
「魚の標本- 標本でわかる魚のこと」
  標本の重要性や意義についての啓蒙を目的にした教育プログラム.
(ケーブルテレビプログラムおよび動画配信).
(http://sc-smn.jst.go.jp/playprg/index/2876)